Необходимо понимать, что в соответствии с пунктом 4 статьи 363 и пунктом 5 статьи 397 Налогового кодекса, начиная с 01.01.2021, в целях обеспечения полноты уплаты налогов налоговые органы передают (направляют) налогоплательщикам (их обособленным подразделениям) по истечении соответствующего налогового периода сообщения об исчисленных налоговыми органами суммах налогов (далее – Сообщение).
Сообщение составляется на основе информации, имеющейся у налогового органа, в т.ч. результатов рассмотрения заявления о льготе.
Таким образом, если налоговый орган на дату составления Сообщения не обладает информацией о предоставленной налоговой льготе, в Сообщение будут включены суммы исчисленных налогов без учета налоговых льгот. В дальнейшем, в соответствии с пунктом 6 статьи 363 и пунктом 5 статьи 397 НК РФ налогоплательщик вправе представить в налоговый орган пояснения и (или) документы, подтверждающие обоснованность применения налоговых льгот, в частности, заявление о льготе за соответствующий период.
Если по итогам рассмотрения налоговым органом пояснений и (или) документов будет выявлена недоимка по налогам (например, в связи с тем, что налогоплательщик не представлял в налоговый орган заявление о льготе либо получил сообщение об отказе от предоставления налоговой льготы, при этом фактически учитывал налоговую льготу, и это привело к занижению суммы уплаченного налога) налоговый орган принимает меры по взысканию недоимки (пункт 7 статьи 363, пункт 5 статьи 397 Налогового кодекса).
