Андрей Сергеевич Деникин в 1996 году окончил Чувашский государственный университет имени И. Н. Ульянова, а в 1999 — аспирантуру этого вуза. Имеет ученую степень кандидата физико-математических наук и ученое звание доцента. Опубликовал 61 статью в рецензируемых научных изданиях. 

Трудовую деятельность начал в родном вузе. Позже работал в Объединенном институте ядерных исследований. До текущего назначения занимал должность проректора по учебно-методической работе в Университете «Дубна».

Напоминаем, что ранее вуз возглавлял Дмитрий Владимирович Фурсаев.