В действительности музей имеет более продолжительную историю. Инициатором его создания еще в 1986 году выступил известный историк и археолог Сергей Белецкий. 1 марта 1990 года музей был открыт при комитете комсомола ОИЯИ, а с 1 апреля 1991 года продолжил работу при молодежном фонде социальной поддержки «Сфера». 25 лет назад музей располагался всего в одной комнате дома № 11 по улице Моховой. В разные годы учреждению культуры здесь же выделялись новые помещения, а в 2012 году был открыт выставочный зал. В апреле 2009 года была внесена запись № М-062 о музее в Московский областной реестр музеев.
Юбилей – хороший повод для подведения итогов. За четверть века музей посетили 140 тысяч жителей и гостей города! Сотрудники подготовили 92 выставки, провели более 2000 экскурсий и 500 культурно-массовых мероприятий, прочитали свыше 500 лекций. На сегодняшний день основной фонд экспозиции музея составляют 3034 предмета, из них более 1500 предметов доступны посетителям. Еще 1169 предметов составляют научно-вспомогательный фонд музея, а в отделении «История создания крылатых ракет в Дубне» - более 300 уникальных экспонатов.
За сухим языком цифр – многолетний и кропотливый труд людей, которые искренне любят свой город, чтут его историю и делают все, чтобы поведать о ней ныне живущим и сохранить для будущих поколений. Первый директор музея Евгений Крымов в течение 16 лет возглавлял краеведческую работу в Дубне, в 2011 году его сменил Федор Петров, археолог, кандидат философских наук, а в 2015 – Елена Чертовских, бывший руководитель филиала Тверского государственного объединенного музея.
«Музей – это форма получения знаний, которые передаются посетителю через экскурсоводов, основываясь на предметах. Музей – фундамент истории», - говорит Вера Гусева, главный хранитель фондов музея, которая проработала здесь более 20 лет. Вера Николаевна занимается сбором экспонатов, оформлением приема предметов и их научным описанием, обеспечивает сохранность и своевременную реставрацию. Первым главным хранителем музея был историк и краевед Игорь Даченков, позднее ставший инициатором создания фонда «Наследие», в разное время в этой должности работали Татьяна Строковская, Валерия Акапьева и Елена Крымова. Уже в первые годы своего существования в учреждении активно занимались комплектованием, учетом и описанием фондов. Многие дубненцы в разные годы передавали музею предметы, по которым еще долгое время можно будет изучать историю города, все они стали экспонатами музея. В основной фонд вошли 1560 предметов, переданных Е.Ю. Крымовым, коллекции, насчитывающие более сотни предметов, поступили от И.А.Зинина, протоиерея А.Р.Семенова, Н.Н.Прислонова, Ф.Н. Петрова и Д.Н.Борисова.
Отдел по основной деятельности с 2014 года возглавляла Виктория Нежальская, в прошлом году ее сменила Екатерина Лендъел. Жители и гости города хорошо помнят замечательных экскурсоводов Ольгу Дынник, Елену Альперт и Ларису Пантелееву, сейчас экскурсии в самых разных форматах проводит Владимир Родионов. В 1997 году при музее работал краеведческий кружок, которым руководил Денис Борисов. Лариса Черемных в 2012-2014 гг. занималась организацией выставок, а редактором сайта в 2012-2018 гг. работала Ирина Алексеева, которая также активно участвовала в оформлении выставок.
В музее собрана полная информация об истории возникновения города, начиная от городища Дубна, известного также как Ратминское поселение. Здесь хранятся копии трудов известных археологов и краеведов, написанных по материалам исследований, проведенных в разные годы на правом берегу Волги в окрестностях устья реки Дубны. Сотрудники музея вместе с дубненскими краеведами сами участвовали в нескольких археологических экспедициях, во время которых были сделаны яркие находки: например, крест-энколпион начала XIII века и свинцовая актовая печать XII века с изображением Святого Феодора. В музее все время ведут научно-исследовательскую работу по изучению истории города, участвуют в опубликовании научных изданий и учебных пособий, организуют «круглые столы», историко-краеведческие конференции, «ночи музеев», «ночи искусств», тематические лекции и краеведческие совещания.
В первые годы работы, находясь в стесненных условиях, музей проводил только тематические выставки. В 2000-2001 гг. удалось решить вопрос создания постоянной экспозиции, большую помощь в этом оказал С.А.Бабаев, работавший в те годы заместителем главы Администрации города. В создании экспозиции на базе скомплектованных музейных коллекций вместе с работниками музея активное участие принимали сотрудники Тверского государственного объединенного музея Института археологии РАН. В экспозицию, которая постоянно дополняется и совершенствуется, вошли реконструкции предметов, макеты, карты и графические изображения, древние вещи включены в контекст исторических событий и процессов.
Многие выставки создавались совместно с Московским областным общественным фондом историко-краеведческих исследований и гуманитарных инициатив «Наследие», а также с участием Музея истории науки и техники ОИЯИ, Государственного Дарвинского музея, Государственного биологического музея им. К.А.Тимирязева, Челябинского Государственного историко-культурного заповедника «Аркаим», муниципального выставочного зала г.Дубны, ДК «Мир», Студии Никитина, ЦКС «Дубна», ТМПК и других организаций и жителей города. Выставки проходили не только на площадках музей, но и выезжали в другие города. К примеру, «Русская Атлантида» стала межрегиональным проектом, побывала во многих уголках России, объединенных тематикой затопленных территорий рукотворными водохранилищами. Передвижные выставки музея с успехом проходили в рамках городских мероприятий.
Важным событием в истории музея в августе 2010 года стало открытие левобережного отделения в школе №5 – экспозиции «Музей авиационной и ракетной техники ГосМКБ «Радуга» и ДМЗ им.Н.П.Федорова», огромную поддержку в этом оказали руководители предприятий, а также почетный авиастроитель СССР Геннадий Алексеевич Савельев. В 2016 году, в день празднования 60-летнего юбилея города, состоялось торжественное открытие отделения «Музея истории создания крылатых ракет в Дубне» в отдельном помещении, выделенном Администрацией города в школе № 10. Долгое время о работе градообразующих предприятий Дубны даже коренные жители могли только догадываться: обороноспособность страны обеспечивалась в рамках строгой секретности. С открытием уникального музея появилась возможность приоткрыть завесу тайны и оценить огромный вклад ГосМКБ «Радуга и Дубненского машиностроительного завода в развитие ракетной техники. К экспонатам музея можно в буквальном смысле прикоснуться - Генеральный директор ГосМКБ «Радуга» однозначно ответил: «Трогать можно!» В экспозиции музея – макеты знаковых моделей, корпуса ракет в натуральную величину, интерактивные стенды, по которым можно изучать историю разработки и применения ракетной техники, знакомиться с жизнью и деятельностью великих авиаконструкторов. Продолжается работа над созданием открытой экспозиции под открытым небом.