Приказ об их основании был подписан 27 июня 2003 года первым ректором университета, профессором Олегом Кузнецовым. Руководство было возложено на выдающихся ученых: кафедрой ядерной физики (ЯФ) – на профессора Юрия Оганесяна, а кафедрой фундаментальных проблем физики микромира (ФПФМ) – на профессора, директора ОИЯИ Алексея Сисакяна.
Изначально кафедра ФПФМ называлась кафедрой теоретической физики, но в 2016 году была переименована. Оба подразделения вуза успешно обучают студентов по направлениям бакалавриата и магистратуры, а также ведут обучение в аспирантуре по различным научным специальностям.
Празднование юбилея прошло 1 декабря и собрало выпускников, преподавателей и студентов обеих кафедр. На мероприятии коллег поздравили и.о. ректора университета Андрей Деникин, работавший на кафедре ЯФ с самого ее основания, и и.о. проректора по научной работе и инновациям Игорь Немченок. Мероприятие также посетили завкафедрой ЯФ Юрий Оганесян, заместитель завкафедрой ЯФ Александр Карпов, завкафедрой ФПФМ с 2010 по 2023 гг. Дмитрий Фурсаев, долгие годы работавший заместителем завкафедрой ФПФМ Александр Сорин, и.о. завкафедрой ФПФМ Андрей Арбузов.
За эти 20 лет работы кафедр было достигнуто много значимых результатов: проведено 15 выпусков, а это 234 студента, из которых 25 стали кандидатами физико-математических наук. Большинство выпускников остались работать в Дубне в лабораториях Объединенного института ядерных исследований. Также было подготовлено 90 специалистов по программам двойного диплома с университетами Казахстана.
Все выступающие на мероприятии поделились своими воспоминаниями и благодарностями тем, кто внес значительный вклад в становление кафедр.
